تضم عتبة السيدة المعصومة في قم عدة مساجد، والتي تم بناؤها وإضافتها إلى العتبة مع مرور الوقت خلال توسع المرقد. تضم مساجد مرقد السيدة فاطمة المعصومة (ع) المسجد الأعظم (مسجد آية الله بروجردي)، ومسجد بالاسر، ومسجد طباطبائي، ومسجد الشهيد مطهري.